Το σύνολο των Ακαδημαϊκών Τμημάτων του Πανεπιστημίου Κρήτης έχουν ολοκληρώσει με επιτυχία τις διαδικασίες Εσωτερικής Αξιολόγησης και οι Εκθέσεις τους είναι διαθέσιμες προς μελέτη.
| Α/Α | Ακαδημαϊκά Τμήματα Πανεπιστημίου Κρήτης | Έτος |
| 1 | Τμήμα Ιατρικής | 2007 |
| 2 | Τμήμα Βιολογίας | 2008 |
| 3 | Τμήμα Φυσικής | 2008 |
| 4 | Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης | 2008 |
| 5 | Τμήμα Μαθηματικών | 2009 |
| 6 | Τμήμα Χημείας | 2009 |
| 7 | Τμήμα Εφαρμοσμένων Μαθηματικών | 2009 |
| 8 | Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Υλικών | 2009 |
| 9 | Τμήμα Ψυχολογίας | 2009 |
| 10 | Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας | 2009 |
| 11 | Τμήμα Φιλοσοφικών και Κοινωνικών Σπουδών | 2009 |
| 12 | Τμήμα Επιστήμης Υπολογιστών | 2010 |
| 13 | Τμήμα Κοινωνιολογίας | 2010 |
| 14 | Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης | 2010 |
| 15 | Τμήμα Οικονομικών Επιστημών | 2010 |
| 16 | Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης | 2010 |
| 17 | Τμήμα Φιλολογίας | 2011 |